(1)损失应由甲公司承担。根据规定,标的物毁损、灭失的风险,在标的物交付之前由出卖人承担,交付之后由买受人承担,但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。本题中,双方约定的交货地点是乙企业的库房,药材被洪水浸泡时交付尚未完成。 (2)乙企业要求双倍返还定金和赔偿损失不合理。根据规定,因不可抗力致使主合同不能履行的,不需要承担违约责任。本题中,药材因遇山洪暴发被浸泡,属于不可抗力,因此乙企业不应该要求双倍返还定金和赔偿损失。 (3)甲公司主张合同无效不合理。根据规定,当事人采用合同书形式订立合同的,自双方当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。本题中,甲公司加盖公章即为盖章,合同成立,不必经法定代表人签字确认。